使用中の特定のヌクレオシド類似体によれば、目的化合物の要件に応じて追加の修飾基または保護基を導入する必要がある場合がある。
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1-<5-(O-t-butyldiphenylsilyl)-2,3-dideoxy-2-phenylthio-β-D-glycero-pent-2-enofuranosyl>uracil
2-((2-methoxyphenyl)ethynyl)-5-phenyl-1,3,4-oxadiazole
8'-β-apocarotenol pent-4-ynoate