BODIPY染料が生物学的応用のために意図されている場合、酵素または他の生理学的要因によって活性化された後に水溶性になるプロドラッグを設計することができる。
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4,4-difluoro-8-[3,4-bis(3-{2-[2-(2-methoxyethoxy)ethoxy]ethoxy}-2-{2-[2-(2-methoxyethoxy)ethoxy]ethoxy}ethoxymethyl)propoxy]phenyl-1,3,5,7-tetramethyl-2,6-diethynyl-4-bora-3a,4a-diaza-s-indacene
2(S)-2-(4-chloro-phenyl)-3(R)-ethyl-pent-4-enoic acid