BODIPY染料のコア構造は,2つのフッ素原子に配位したホウ素原子からなり,2つのピロリジン環の間に挟まれている。ピロリジン環上の置換基を変化させることは、BODIPY染料の光学的性質を調節し、異なる吸収および発光スペクトルを有する染料を生成することができる。
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1,3,5,7-tetramethyl-8-(4-methoxycarbonylmethyloxyphenyl)-4,4'-difluoroboradiazaindacene