γ-カルボキシエチル胸腺ピリミジンモノマーは、選択的結合を保証するために適切に保護されなければならない。PNA合成において一般的に使用される保護基は、Fmoc(9-フルオランニルメトキシ)またはBoc(tert-ブトキシ)基を含む。 保護されたγ-カルボキシエチルチモピリミジン単量体を、適切なカップリング剤(例えば、HBTU/HOBtまたは類似体)を用いて固体担体結合PNA鎖に結合させる。 この反応は通常,DMF(ジメチルホルムアミド)のような適切な溶媒中で制御された条件下で行われる。
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