親水性官能基をBODIPY染料構造に導入した。よく見られる例としては、カルボキシル基、スルホン酸基またはポリエチレングリコール鎖が挙げられる。これらの基は染料の水溶性を改善することができる。
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4,4-difluoro-8-[3,4-bis(3-{2-[2-(2-methoxyethoxy)ethoxy]ethoxy}-2-{2-[2-(2-methoxyethoxy)ethoxy]ethoxy}ethoxymethyl)propoxy]phenyl-1,3,5,7-tetramethyl-2,6-diethynyl-4-bora-3a,4a-diaza-s-indacene