阻害剤の結合自由エネルギーを推定するために、自由エネルギー計算(例えば、MM/GBSAまたはMM/PBSA)を行う。これらの計算は水熱力学を分析に組み込むことができる。
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(2,3,4-trimethoxy-phenyl)-glyoxylic acid
5-chloro-N4-methyl-N2-phenylpyrimidine-2,4-diamine