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5−クロロシクロホスファミドおよび5−フルオロシクロホスファミドのシスおよびトランス異性体は、インビボで代謝活性化される。代謝は主に肝臓に発生し，肝臓チトクロームP 450酵素の作用を介している。これらの化合物が形成する代謝物はアルキル化試薬であり，DNAに共有結合し，DNA複製を妨害し，最終的に細胞死を招く。

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